保险公司如果定损只赔偿1000元，你就按照定损金额赔偿对方就可以了，然后拿着修车发票、事故认定书等材料去保险理赔就行了，这类的事故理赔你不用担心，很简单的。如果对方非要到4S店维修花2000元，多余的钱让对方自己承担就好了，总不能他非要花1万就赔他1万啊，可以适当的多给他一部分，尽快解决纠纷才是正道，如果双方意见相差较大，就搁置纠纷，让对方自己修车，然后到法院起诉就可以了，对方起诉时肯定要一并起诉保险公司，法院判决时，在财产赔偿限额2000元范围内，全部由保险公司承担，超出2000元的部分才由你承担。还有疑问请追问，希望可以帮助到您。
车辆修好后，你再垫付维修费，然后取得维修发票，然后持定损单、维修发票、事故认定书等材料申请理赔，这种事故理赔会很快，没有什么不妥的，不用太焦虑。谢谢。