(一)从1999年开始,中央财政对各省(自治区、直辖市)实行了粮食风险基金包干。在此基础上,为了给粮食主产区更大的支持,从2001年开始,中央财政适当增加了对粮食主产区的粮食风险基金补助,由地方包干使用。没有增加补助的省(自治区、直辖市),粮食风险基金维持1999年包干基数不变。
(二)粮食风险基金实行包干后,财政部的主要职责是:研究和制定指导性政策;按时拨付中央补助;监管资金的到位和使用;定期向国务院报告粮食风险基金的管理和使用情况等。国家计委、国家审计署、国家粮食局、中国农业发展银行等部门根据各自职能负责监督粮食风险基金的管理和使用。各省(自治区、直辖市)人民政府的主要职责是:在中央政策指导下,制定本地区粮食风险基金的具体补贴范围、补贴标准和补贴方式,以及具体监督管理办法;应确保地方粮食风险基金及时足额筹集到位;按时拨付粮食风险基金;负责本地区粮食风险基金的具体管理,确保专款专用。
(三)粮食风险基金继续实行农业发展银行专户管理。各省(自治区、直辖市)财政厅(局)必须在同级农业发展银行开设粮食风险基金专户,粮食风险基金必须通过专户拨付。