A. 有限合伙形式的私募股权投资基金，是否可以直接作为投资人（股东）注册成立项目公司进行投资
可以。但需要进行备案并做信息披露还不能有同业竞争。具体参照《私募投资基金监督管理暂行办法》第二十条与第二十六条：
第五章 投资运作
第二十条 募集私募证券基金，应当制定并签订基金合同、公司章程或者合伙协议(以下统称基金合同)。基金合同应当符合《证券投资基金法》第九十三条、第九十四条规定。
募集其他种类私募基金，基金合同应当参照《证券投资基金法》第九十三条、第九十四条规定，明确约定各方当事人的权利、义务和相关事宜。
第二十一条 除基金合同另有约定外，私募基金应当由基金托管人托管。
基金合同约定私募基金不进行托管的，应当在基金合同中明确保障私募基金财产安全的制度措施和纠纷解决机制。
第二十二条 同一私募基金管理人管理不同类别私募基金的，应当坚持专业化管理原则;管理可能导致利益输送或者利益冲突的不同私募基金的，应当建立防范利益输送和利益冲突的机制。
第二十三条 私募基金管理人、私募基金托管人、私募基金销售机构及其他私募服务机构及其从业人员从事私募基金业务，不得有以下行为:
(一)将其固有财产或者他人财产混同于基金财产从事投资活动;
(二)不公平地对待其管理的不同基金财产;
(三)利用基金财产或者职务之便，为本人或者投资者以外的人牟取利益，进行利益输送;
(四)侵占、挪用基金财产;
(五)泄露因职务便利获取的未公开信息，利用该信息从事或者明示、暗示他人从事相关的交易活动;
(六)从事损害基金财产和投资者利益的投资活动;
(七)玩忽职守，不按照规定履行职责;
(八)从事内幕交易、操纵交易价格及其他不正当交易活动;
(九)法律、行政法规和中国证监会规定禁止的其他行为。
第二十四条 私募基金管理人、私募基金托管人应当按照合同约定，如实向投资者披露基金投资、资产负债、投资收益分配、基金承担的费用和业绩报酬、可能存在的利益冲突情况以及可能影响投资者合法权益的其他重大信息，不得隐瞒或者提供虚假信息。信息披露规则由基金业协会另行制定。
第二十五条 私募基金管理人应当根据基金业协会的规定，及时填报并定期更新管理人及其从业人员的有关信息、所管理私募基金的投资运作情况和杠杆运用情况，保证所填报内容真实、准确、完整。发生重大事项的，应当在10个工作日内向基金业协会报告。
私募基金管理人应当于每个会计年度结束后的4个月内，向基金业协会报送经会计师事务所审计的年度财务报告和所管理私募基金年度投资运作基本情况。
第二十六条 私募基金管理人、私募基金托管人及私募基金销售机构应当妥善保存私募基金投资决策、交易和投资者适当性管理等方面的记录及其他相关资料，保存期限自基金清算终止之日起不得少于10年。
可以。但需要进行备案并做信息披露。具体参照《私募投资基金监督管理暂行办法》第二十条与第二十六条：
B. 我公司是新成立的有限合伙制股权投资基金公司，我方为基金的管理方，请问我方要交什么税种，税率是多少
有限合伙制股权投资基金，你是基金管理方A，即是GP。
收税是对收入部分进行收税，GP的收入部分一般为两部分，即：
基金管理费用，税费缴纳方式，这是常规GP收入方式，因为GP一般都为有限责任公司，按照有限责任公司税收增收，营业税和增值税，不同地域标准不同的。所得部分一般3-5%这样一个水准。每个城市的标准不同，同一个城市不同地方的标准也不一样，比如上海，临港，张江，崇明，奉贤，这类税的征收点比较高，反税政策比较好。
投资收益部分，投资收益部分如果按照正常途径是在合伙企业中止后，分配GP收益时征收20%的投资收益税种。一般收益分配都是超过收益一定比例部分按照二八分成的。
总结可以给你举个例子：假设A公司作为GP，发起股权投资基金B，募集资金X元，管理费用1%，投资3年，按照分配后GP所得的投资收益为Y元
那么你的税费：Z=X·1%·3-5%+Y·20%
B发生的费用问题：
你这里理解有个误区，一般股权投资基金B不发生工资这个科目的费用，因为GP已经是作为管理人管理这个有限合伙基金了，所以GP是管理人，员工都是GP的员工，支付公司的账户应该是A公司即GP而不是B（股权投资基金）。
B发生的费用，比如资金存管费用等等，这些是从B中直接扣取的。