保險公司如果定損只賠償1000元，你就按照定損金額賠償對方就可以了，然後拿著修車發票、事故認定書等材料去保險理賠就行了，這類的事故理賠你不用擔心，很簡單的。如果對方非要到4S店維修花2000元，多餘的錢讓對方自己承擔就好了，總不能他非要花1萬就賠他1萬啊，可以適當的多給他一部分，盡快解決糾紛才是正道，如果雙方意見相差較大，就擱置糾紛，讓對方自己修車，然後到法院起訴就可以了，對方起訴時肯定要一並起訴保險公司，法院判決時，在財產賠償限額2000元范圍內，全部由保險公司承擔，超出2000元的部分才由你承擔。還有疑問請追問，希望可以幫助到您。
車輛修好後，你再墊付維修費，然後取得維修發票，然後持定損單、維修發票、事故認定書等材料申請理賠，這種事故理賠會很快，沒有什麼不妥的，不用太焦慮。謝謝。