(一)從1999年開始,中央財政對各省(自治區、直轄市)實行了糧食風險基金包干。在此基礎上,為了給糧食主產區更大的支持,從2001年開始,中央財政適當增加了對糧食主產區的糧食風險基金補助,由地方包干使用。沒有增加補助的省(自治區、直轄市),糧食風險基金維持1999年包干基數不變。
(二)糧食風險基金實行包干後,財政部的主要職責是:研究和制定指導性政策;按時撥付中央補助;監管資金的到位和使用;定期向國務院報告糧食風險基金的管理和使用情況等。國家計委、國家審計署、國家糧食局、中國農業發展銀行等部門根據各自職能負責監督糧食風險基金的管理和使用。各省(自治區、直轄市)人民政府的主要職責是:在中央政策指導下,制定本地區糧食風險基金的具體補貼范圍、補貼標准和補貼方式,以及具體監督管理辦法;應確保地方糧食風險基金及時足額籌集到位;按時撥付糧食風險基金;負責本地區糧食風險基金的具體管理,確保專款專用。
(三)糧食風險基金繼續實行農業發展銀行專戶管理。各省(自治區、直轄市)財政廳(局)必須在同級農業發展銀行開設糧食風險基金專戶,糧食風險基金必須通過專戶撥付。